油桐尺蛾核型多角体病毒广西株全基因组序列
油桐尺蛾核型多角体病毒广西株全基因组序列
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广西壮族自治区林业科学研究院,广西南宁530002%中南林业科技大学林学院,湖南长沙,410004%广西壮族自治区林业科学研究院,广西南宁,530002
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Chinese
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广西壮族自治区林业科学研究院,广西南宁530002%中南林业科技大学林学院,湖南长沙,410004%广西壮族自治区林业科学研究院,广西南宁,530002
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Contents
油桐尺蛾核型多角体病毒广西株基因组序列由Sanger测序的方法得到。拼接后获得了121268bp序列，GC含量为36．76％。以长度不小于50aa的序列认定为功能基因，共预测到131个开放阅读框，通过Blast比对，其中87个能注释到功能基因。对基因组序列进重复序列分析，共发现SSR位点174个，同源重复序列1个。在SSR位点中，包含6种长度的重复基序，且以富含AT的重复基序为主。同源重复序列两端为-59bp片段或其一部分组成的重复序列，两端分别重复12次和7次，中间则为一段与重复片段无关的236bp片段。与武汉株相比，广西株病毒在37个核心基因中有4个存在蛋白序列长度上的差异，而在其他非核心基因中有6个基因仅存在于一个病毒株中，另有13个基因存在蛋白序列长度上的差异。
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油桐尺蛾核型多角体病毒广西株全基因组序列
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Record Identifier
TN_cdi_wanfang_journals_lykxyj201505002
Permalink
https://devfeature-collection.sl.nsw.gov.au/record/TN_cdi_wanfang_journals_lykxyj201505002
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ISSN
1001-1498
