滇东南濒危植物长梗杜鹃转录组微卫星特征分析
滇东南濒危植物长梗杜鹃转录组微卫星特征分析
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中国林业科学研究院资源昆虫研究所,云南昆明,650233
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Language
Chinese
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中国林业科学研究院资源昆虫研究所,云南昆明,650233
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[目的] 全面了解滇东南特有濒危植物长梗杜鹃转录组SSR位点的分布及序列特征,为长梗杜鹃的保护和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。[方法] 利用Illumina Hiseq 4000高通量测序平台对长梗杜鹃叶片进行转录组测序,再通过MISA软件对测序所得Unigenes进行SSR位点的发掘和分析。[结果] 发现含SSR的序列17 354条,共得到23 192个SSR,出现频率为31.30%,平均每3 kb出现1个SSR。二碱基和三碱基重复为长梗杜鹃SSR主要重复单元类型,分别占SSR总数的69.25%和15.07%,187种重复基元中,所占比例最高的是(AG/CT)n(62.01%),其次是(A/T)n(12.34%)、(AC/GT)n(4.5...
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滇东南濒危植物长梗杜鹃转录组微卫星特征分析
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Record Identifier
TN_cdi_wanfang_journals_lykxyj201704001
Permalink
https://devfeature-collection.sl.nsw.gov.au/record/TN_cdi_wanfang_journals_lykxyj201704001
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ISSN
1001-1498
DOI
10.13275/j.cnki.lykxyj.2017.04.001